La Direttiva ha suddiviso le acque marine europee in 4 regioni:

1) Mar Baltico

2) Oceano Atlantico nordorientale

3) Mar Mediterraneo 

4) Mar Nero

Per alcune di queste regioni è stata operata un’ulteriore suddivisione individuando delle sotto-regioni.

Per quanto riguarda i mari italiani le sotto-regioni sono le seguenti:

a) il Mediterraneo occidentale (Liguria, Toscana, Lazio, Campania, Sardegna);
b) il mar Adriatico (Friuli Venezia Giulia, Veneto, Emilia Romagna, Marche, Abruzzo, Molise, Puglia);
c) il mar Ionio e Mediterraneo centrale (Calabria, Basilicata, Sicilia).

Immagine presa da: "The Role of Economics in Ecosystem Based Management: The Case of the EU Marine Strategy Framework Directive; First Lessons Learnt and Way Forward." Oinonen, Soile & Börger, Tobias & Hynes, Stephen & Buchs, Ann & Heiskanen, Anna-Stiina & Hyytiäinen, Kari & Luisetti, Tiziana & Veeren, Rob. (2016). Journal of Ocean and Coastal Economics. 2. 10.15351/2373-8456.1038".