L'Agenzia Regionale per la Protezione dell'Ambiente espleta diverse attività nell'ambito della biodiversità, "finalizzate al mantenimento, sviluppo e potenziamento delle attività di tutela e di promozione della qualità degli ecosistemi naturali e degli ecosistemi antropizzati, al controllo ed alla prevenzione dei fattori di degrado che hanno o che potrebbero avere conseguenze dirette o indirette sulla salute umana…” (legge istitutiva di ARPA FVG L.R. 6/98, art.1).

Nello specifico l'agenzia rileva la biodiversità:

• pollinica in termini di famiglie/genere e concentrazione;
• lichenica, come indicatore di qualità dell'aria;
• fitoplanctonica, come indicatore di qualità delle acque interne superficiali (laghi e invasi) e come indicatore per il monitoraggio delle acque marino-costiere e di transizione (lagune e foci di grandi fiumi);
• diatomica, come indicatore di qualità delle acque interne superficiali (fiumi, torrenti e laghi);
• delle macrofite, come indicatore di qualità delle acque interne superficiali (fiumi, torrenti e laghi), delle acque marino-costiere e delle acque di transizione;
• dei macroinvertebrati bentonici, come indicatore di qualità delle acque interne superficiali (fiumi, torrenti e laghi), delle acque marino-costiere e delle acque di transizione;
• della fauna ittica, come indicatore di qualità delle acque interne superficiali (fiumi e torrenti) e delle acque di transizione (lagunari).