Acque di transizione: sono le acque di aree costiere in prossimità delle foci dei fiumi con formazioni particolari come lagune, stagni o laghi costieri. Sono acque parzialmente di natura salina, sostanzialmente influenzate dai flussi di acqua dolce, pertanto presentano caratteristiche sia di acque marine sia di acque dolci. Costituiscono il passaggio naturale tra l’ambiente terrestre e quello marino. Per la loro locazione, al confine tra questi due ambienti, formano ecosistemi unici ad alta biodiversità e molto produttivi attorno ai quali gravitano numerose attività antropiche.
Nella regione Friuli Venezia Giulia, le lagune di Marano e di Grado rappresentano per l'Adriatico Settentrionale il più orientale fra i grandi sistemi lagunari e deltizi costieri.

Acque costiere: le acque superficiali situate all'interno rispetto a una retta immaginaria distante, in ogni suo punto, un miglio nautico sul lato esterno dal punto piu' vicino della linea di base che serve da riferimento per definire il limite delle acque territoriali, e che si estendono eventualmente fino al limite esterno delle acque di transizione.

Bacino idrografico: il territorio nel quale scorrono tutte le acque superficiali attraverso una serie di torrenti, fiumi ed eventualmente laghi per sfociare al mare in un'unica foce, a estuario o delta.

Benthos: il termine benthos identifica tutte le forme di vita che vivono in stretto contatto con il fondo marino o che hanno un rapporto continuativo con esso. Fra questi organismi ci sono molte forme in grado di allontanarsi significativamente dal fondo, per lo più pesci e cefalopodi, e in questo caso vengono chiamati organismi bentonectonici. Nel benthos troviamo rappresentati quasi tutti i gruppi sistematici e a seconda che si tratti di specie vegetali o animali si distinguono rispettivamente in fitobenthos e zoobenthos.
Gli organismi che sono fisicamente adesi al fondale si dicono sessili. Gli organismi che vivono all’interno del substrato si dicono endobionti ed in particolare endolitici se sono in grado di penetrare nelle rocce o nei gusci calcarei. Gli organismi che vivono sopra al substrato (attaccati o meno) vengono indicati col temine generale epibionti. Quando questi  colonizzano la superficie di altri vegetali o animali si parla di epifiti ed epizoi rispettivamente.

Biomonitoraggio: con il termine biomonitoraggio si intende lo studio e la valutazione dello stato dell’ambiente mediante un insieme di metodiche scientifiche, che utilizzano specie animali o vegetali per misurare l’impatto degli agenti inquinanti sull’ambiente stesso.

Corpo idrico superficiale: un elemento distinto e significativo di acque superficiali, quale un lago, un bacino artificiale, un torrente, un fiume o canale, parte di un torrente, fiume o canale, nonché di acque di transizione o un tratto di acque costiere.

Corpo idrico fortemente modificato: un corpo idrico superficiale la cui natura, a seguito di alterazioni fisiche dovute a un'attività umana, è sostanzialmente modificata.

Distretto idrografico: area di terra e di mare, costituita da uno o piu' bacini idrografici limitrofi e dalle rispettive acque sotterranee e costiere che costituisce la principale unita' per la gestione dei bacini idrografici.

Eutrofizzazione: arricchimento delle acque di nutrienti, in particolare modo di composti dell'azoto e/o del fosforo, che provoca una abnorme proliferazione di alghe e/o di forme superiori di vita vegetale, producendo la perturbazione dell'equilibrio degli organismi presenti nell'acqua e della qualita' delle acque interessate.

Fioritura: fenomeno di proliferazione abnorme delle microalghe di acque marine o lacustri costituenti il fitoplancton. La colorazione delle acque che identifica una fioritura ("acque verdi" o "acque rosse") è determinato dai pigmenti fotosintetici che contraddistinguono la specie responsabile della proliferazione.

GES: Good Environmental Status, ossia buono stato ambientale. Il raggiungimento del buono stato ambientale è l’obiettivo posto dalla Direttiva quadro 2008/56/CE (o Marine Strategy Framework Directive - MSFD - "Strategia Marina" agli Stati membri ciascuno per le proprie acque marine. Ogni Stato deve quindi, mettere in atto, per ogni regione o sotto-regione marina, una strategia che consta di diverse fasi e programmi di attività al fine del raggiungimento del buono stato ambientale.

Inquinamento: l'introduzione diretta o indiretta, a seguito di attivita' umana, di sostanze o di calore nell'aria, nell'acqua o nel terreno che possono nuocere alla salute umana o alla qualita' degli ecosistemi acquatici o degli ecosistemi terrestri che dipendono direttamente da ecosistemi acquatici, perturbando, deturpando o deteriorando i valori ricreativi o altri legittimi usi dell'ambiente.

Necton: insieme degli organismi animali in grado di contrastare con il nuoto la forza delle correnti. Il necton è composto da un ampio numero di pesci cartilaginei e ossei e, in minor numero, da mammiferi marini, rettili e uccelli. Gli unici invertebrati che possono essere ascritti a tale frazione di organismi sono i molluschi cefalopodi, alcuni molluschi galleggianti ed alcuni crostacei con elevate capacità natatorie.

Plancton: insieme di organismi acquatici galleggianti che vengono trasportati passivamente dalle correnti e dal moto ondoso non essendo in grado di dirigere attivamente il loro movimento (almeno in senso orizzontale).

Rete trofica: è l'insieme delle relazioni trofiche esistenti tra i diversi organismi negli ecosistemi e rappresenta il trasferimento di energia tra i diversi livelli nutrizionali. Il primo livello trofico è rappresentato dagli organismi autotrofi in grado di trasformare la sostanza inorganica come la CO₂ in materia vivente. Benché tra le reti trofiche terrestri e marine esistano delle differenze, i passaggi di materia ed energia avvengono allo stesso modo partendo da un'unica fonte inesauribile e a disposizione di tutti gli esseri viventi, il sole.
In ambiente acquatico la produzione primaria ha inizio con le microalghe, il fitoplancton, a cui contribuiscono in maniera importante le macroalghe bentoniche e le piante acquatiche o fanerogame. I consumatori primari si alimentano della materia prodotta dagli autotrofi, i consumatori secondari si nutrono dei consumatori primari rappresentati da tutti i pesci predatori. Vanno però inclusi anche i filtratori che si nutrono di zooplancton (es. balene, balenottere, megattere), decompositori e detritivori.
La rete si chiude con la decomposizione della sostanza organica in sostanza inorganica. Gran parte di questa decomposizione avviene in tutti i livelli grazie alla respirazione.

Valli da pesca: sono costituite da porzioni di laguna arginate, nei cui specchi acquei e canali viene praticato l’allevamento di specie ittiche marine e lagunari.

Sostanze pericolose: le sostanze o gruppi di sostanze tossiche, persistenti e bio-accumulabili e altre sostanze o gruppi di sostanze che danno adito a preoccupazioni per la salute umana.

Sostanze prioritarie e sostanze pericolose prioritarie: le sostanze individuate con disposizioni comunitarie ai sensi dell'articolo 16 della direttiva 2000/60/CE.

Specie alloctona (aliena): una specie, sottospecie o un taxon più basso, introdotta al di fuori del naturale areale distributivo presente o passato; include ogni elemento, gameti, semi, uova, propaguli di quelle specie che abbia la possibilità di sopravvivere e successivamente riprodursi

Specie alloctona invasiva: una specie alloctona la cui introduzione e/o diffusione minaccia la biodiversità, e/o causa gravi danni anche alle attività dell’uomo o ha effetti sulla salute umana e/o serie conseguenze socio-economiche.

Standard di qualità ambientale (SQA): concentrazione di un particolare inquinante o gruppo di inquinanti che non deve essere superata per tutelare la salute umana e l’ambiente.

Stato delle acque superficiali: espressione complessiva dello stato di un corpo idrico superficiale, determinato dal valore più basso del suo stato ecologico e chimico;

Stazione di misura: punto georeferenziato rappresentativo di un'area più ampia in cui vengono effettuate le misure di svariati parametri fisico-chimici e i prelievi di campioni biologici ai fini di uno studio scientifico ambientale.

Stato ecologico: espressione della qualità della struttura e del funzionamento degli ecosistemi acquatici associati alle acque superficiali, classificato a norma dell'allegato V della Direttiva 2000/60/CE.